ブログの「設定 > 全般」の画面で、「モジュール設定」の「サーバーサイドインクルード」を、「ApacheのSSI」にしておかないといけない。
もちろん、さくらなら.htaccessにAddType text/x-server-parsed-html .htmlも書き加えないと。

レンタルサーバ側で独自ドメインの設定をwww以下のディレクトリにあてる場合には要注意。ウェブサイトURLにその独自ドメインを、ウェブサイトパスに絶対パスをあてると、アセットへのリンク等が、ずれることがある。

たとえば、www以下にmtフォルダと独自ドメインをわりあてたpublicフォルダが並列にある場合、アセットへのリンクが、

独自ドメイン/mt/mt.cgi?_hogehoge…

となってしまう。実際には、

ウェブサイトパス/mt/mt.cgi?_hogehoge…

にアセットはあるのだが。

各管理画面のテンプレートにMTSetVarタグを入れてscript_urlを上書きすることは可能だが、必要な箇所すべてに書き入れるのは面倒なので、ウェブサイトが単一の場合にはmtフォルダは独自ドメインを割り当てるディレクトリと並列にはせず、直下に入れた方がラク。